Sim, você pode atribuir uma combinação de teclas específica e não usada como um atalho para desligar. Para atribuir Ctrl + Alt + Esc (ou qualquer outra combinação de teclas) como atalho, vá para Configurações do sistema > Teclado > Atalhos > Atalho personalizado e adicione um novo atalho.
O comando deve ser
dbus-send --system --print-reply --dest=org.freedesktop.ConsoleKit /org/freedesktop/ConsoleKit/Manager org.freedesktop.ConsoleKit.Manager.Stop
Eu não tenho certeza porque você tem --system
duas vezes no comando, mas um único funciona no Ubuntu 13.10 (testei, confirmei para funcionar).