Você pode usar o Countif com uma expressão OR assim:
=SUM(COUNTIFS(A1:A20,{"Y","N","N/A"}))
Isso parece em uma coluna. Não está claro a partir da pergunta como você deseja tratar os valores na outra coluna. Opções são
soma conta onde uma correspondência é encontrada na mesma linha de A e D:
=SUM(COUNTIFS(A1:A20,{"Y","N","N/A"},D1:D20,{"Y","N","N/A"}))
soma contagens em A mais contagens em D:
=SUM(COUNTIFS(A1:A20,{"Y","N","N/A"}),COUNTIFS(D1:D20,{"Y","N","N/A"}))
Teste com uma pequena amostra de dados até obter o resultado esperado.
Edit:seoresultadodesejadofor2,useestafórmula
=SUMPRODUCT((($A$1:$A$20="y")+($A$1:$A$20="n")+($A$1:$A$20="n/a"))*($D$1:$D$20="y")+($D$1:$D$20="n")+($D$1:$D$20="n/a"))