Use o comando s no gdisk.
O aviso não impede que você use o comando. É só um aviso. Se você usar s e, em seguida, p , provavelmente verá que as partições estão, de fato, classificadas e prontas para serem w ritten.
Observe que o comando "Classificar" faz apenas o que diz - classifica as entradas da tabela de partição em ordem crescente, para corresponder ao layout real do disco. Ele não permite que você mova as entradas da GPT manualmente (use "Especialista" → "Transpor" para isso), e não move o conteúdo real da partição.