O primeiro número na opção -map é o índice do arquivo de entrada. Então, se você estiver usando 0 duas vezes, estará usando apenas testing.mp4 .
Tente isso:
ffmpeg -i testing.mp4 -i rkelly.mp3 -c copy -map 0:v:0 -map 1:a:0 -shortest out3.mp4
Aqui, 0:v:0 seleciona o primeiro fluxo de vídeo do primeiro arquivo de entrada e 1:a:0 seleciona o primeiro fluxo de áudio do segundo arquivo de entrada. Em princípio, o :0 não é necessário para seus arquivos, mas não faz mal tê-lo lá no caso de várias trilhas de vídeo / áudio.
Veja a entrada do wiki FFmpeg na opção -map para mais .