No corpo principal, suas legendas devem conter os 2 campos - se você pressionar ALT F9, verá os códigos de campo em vez dos resultados.
O primeiro campo é o campo STYLEREF, que provavelmente será algo como {STYLEREF 2 \ s} - essa é a parte que adiciona a numeração do estilo do Título 2 à legenda.
Então, na parte principal (ao visualizar os códigos de campo com ALT F9), suas legendas devem se parecer com:
Figure { STYLEREF 2 \s }-{ SEQ Figure \* ARABIC \s 2 }
Na seção Apêndice, você não precisa deste primeiro campo STYLEREF e do separador. Então, para essas legendas, basta excluir manualmente esses campos depois de inserir sua legenda (ou seja, você está apenas com o campo SEQ para legendas no Apêndice), ou seja:
Figure { SEQ Figure \* ARABIC \s 2}
Você não precisa do \ s2 no final, pois esta é a instrução para o Word reiniciar sua numeração após cada Título 2.
Além disso, se você quiser reiniciar a numeração de figuras em seu Apêndice em 1, então, para a primeira legenda em seu Apêndice, adicione 1 no final do seu código de campo SEQ, para que ele reinicie em 1. O restante de seus campos SEQ no Apêndice não vai precisar desta opção, como você deseja que eles sejam numerados consecutivamente.