Seu sistema de arquivos geralmente tem algum espaço reservado para o root. Por exemplo. um sistema de arquivos de 100MB pode reivindicar 10% completo com dados de 9MB, 20% com 18MB, etc. até 100% com dados de 90MB.
Somente o root (ou o uid 0 processado) pode gravar o espaço reservado restante e será exibido com mais de 100% do total.
Então, basicamente, você escreveu dados como root ou toor e ficou cheio e parece estar acima de 100%.
Agora, as grandes perguntas para você são:
- O que escreveu todos esses dados? Quais arquivos estão preenchendo seu disco?
- E se du e encontrar parece encontrar menos: Você tem arquivos abertos, mas excluídos? (cujos dados não serão removidos do disco até que seu identificador seja liberado).
Ambos foram perguntados antes e mais detalhes para eles podem ser encontrados em outras respostas aqui em [su].