Equívoco rápido:
No Windows, você não pode fazer login como "root". Você faz login como um usuário comum, alguns dos quais (aqueles do grupo administrativo) podem solicitar um token de segurança elevado - muito parecido com sudo no linux. Sempre que você vê um pop-up do UAC, essa é a elevação temporária acontecendo.
O Windows e o Linux realmente funcionam da mesma maneira.
Em ambos, você tem um espaço para chamar de seu: sua pasta de usuário ( C:\Users\<username>\ ou /home/<username>/ ).
Ações que afetam a si mesmas acontecem dentro deste espaço (e alguns outros espaços selecionados, como /tmp no linux).
Ao fazer o desenvolvimento de software, sua área de trabalho deve estar dentro de sua pasta pessoal. Nenhum sudo ou prompts do UAC serão necessários.
Ações que afetam todo o sistema exigem privilégios de root. No linux, você usa sudo , e no Windows, você receberá um prompt do UAC.
/opt/ é um diretório do sistema. Trabalhar dentro dela é como trabalhar dentro de C:\Program Files\ ou C:\Windows\ . Aplicativos concluídos são colocados lá, configurados uma vez e depois executados. Eles não devem ser alterados por usuários comuns e não devem exigir muito ajustes após serem configurados corretamente. Se você tentar criar uma pasta em C:\Program Files\ , o Windows deverá solicitar a elevação com o UAC, a menos que você tenha desativado isso.
Se você estiver fazendo coisas do webdev, é prática comum configurar /home/<username>/public_html/ para ser exposto como http://localhost/~<username>/ em uma máquina de desenvolvimento. Isso permite que cada usuário faça e teste rapidamente as alterações em um servidor da Web local.
Isso segue o padrão acima de trabalho específico do usuário que acontece na sua pasta de usuário, e as alterações em todo o sistema ocorrem com pouca freqüência e exigem raiz.