Os dados devem ser armazenados em uma partição diferente do sistema de arquivos do seu sistema operacional. No Linux, os dados pessoais são armazenados na pasta /home/username
.
Quando você executa o instalador e ele solicita a partição do disco rígido, sugiro que você crie uma partição estendida para a pasta base.
Se você precisar formatar o seu computador, você só tem que fazê-lo com a partição primária.
Eu anexei uma captura de tela do utilitário Gparted; mostra meu disco.
Quando você reinstalar um sistema operacional e já tiver uma pasta pessoal, será necessário criar uma nova home page para o novo usuário e vincular ou mover (com cuidado) todos os arquivos da pasta antiga para a nova pasta.
UPDATE
Pela minha experiência, ter uma partição exclusiva para seu /home
(Linux) ou D:\
(Windows) é melhor. Tanto no Windows quanto no Linux, na sua pasta de dados, você criará alguns arquivos (na maioria arquivos ocultos) que podem causar alguns problemas se você não for cuidadoso ao mover os arquivos antigos para a nova pasta (se reinstalar o sistema operacional)
Eu reinstalei cinco vezes meu Linux mantendo meus dados pessoais intocados e compartilho com meu Win7 sem problemas:)