O VirtualBox criará uma unidade de arquivo dentro do sistema de arquivos do Windows que emula um disco sozinho.
Não é (a menos que especificado) usar um disco rígido real. Como esse disco virtual está vazio, a instalação do Ubuntu dentro do vbox lhe dará apenas a opção de inicializar e criar uma nova partição.
Você não deve se preocupar com modificações realmente acontecendo no seu disco rígido, a única coisa afetada será a unidade virtual que você acabou de criar ao adicionar um novo vbox, é seguro pressionar próximo e criar novas partições.