O software RAID é muito mais simples de se mover de um computador para outro durante atualizações de hardware. Evita também as possibilidades de falha do controlador e os problemas de compatibilidade do controlador na atualização.
Você disse isso, conectou as unidades, sincronizou novamente e seguiu em frente. Simples. Hardware RAID não funciona assim através de diferentes controladores (ou placas-mãe no seu caso).
Software RAID e hardware RAID terão desempenho muito semelhante em matrizes sem paridade (RAID 1, 0, 10, etc.). As soluções de hardware começam a brilhar em matrizes com paridade (5, 6, etc.). Mas muitos técnicos estão se afastando dos arrays RAID 5 diretos devido a problemas inerentes, por isso, mesmo se você tivesse a capacidade / necessidade aparente de RAID 5, o RAID 1 ou o 10 ainda poderiam ser o caminho a ser seguido.
Apenas certifique-se de olhar para uma matriz RAID1 para o que ela é, uma única cópia de arquivos com dados em duas unidades que precisam de backup. Só porque é duas unidades, não significa que é dois arquivos. Se o arquivo estiver corrompido, sobrescrito, acidentalmente excluído, etc, o RAID propagará essas coisas para os dois conjuntos de dados. Certifique-se de ter um backup primeiro. Então, para ter um RAID, você precisa de 3 unidades (2 para matriz, 1 para backup). Se você tiver apenas duas unidades, simplesmente faça backup sem RAID.Para configurações mais simples, o software RAID é o caminho a percorrer. Ótimo preço, desempenho, simplicidade, funcionalidade, etc. O hardware RAID tem um lugar, mas é mais complexo de configurar, não é tão flexível e custa mais para suas necessidades.