Consegui descobrir a causa do problema.
O problema foi causado pelo fato de eu ter criado dois controladores de domínio como autônomos, então acho que eles conseguiram se comunicar no nível da rede, mas todo o material de replicação não foi implementado corretamente. Para ser preciso - durante a instalação do segundo DC durante a instalação da função do AD DS, eu deveria ter escolhido a opção "ADD SERVER TO EXISTING DOMAIN" (que me permitiu escolher o "esquema" de replicação (não tenho certeza se essa é a palavra correta) em vez de "CRIAR NÃO DOMÍNIO EM NOVA FLORESTA".
O problema está totalmente resolvido e agora posso replicar os objetos.
Eu segui este guia específico ao configurar outra caixa com o Win Server 2012. link
PS. Obrigado pela resposta agora sei o que posso usar a ferramenta repadmin, que provavelmente virá a calhar em breve.