A partir do Adobe Reader 11.0.19, a exibição das barras de rolagem está relacionada ao modo de toque ativado.
Eu vejo na sua captura de tela que você tem o modo de toque ativado. Quando você desabilitou o modo de toque, as barras de rolagem aparecem. (O exemplo descreve o painel Miniatura da página, mas isso também se aplica aos marcadores / Índice.)
Antes:
Depois:
Você também pode configurar o modo Touch se ativado na inicialização do Adobe Reader: menu Editar - > Preferências - > Geral - > Modo de toque.