As diferenças: hier do homem
Exibe informações curtas e diretas sobre quase todos os arquivos / pastas na hierarquia do sistema de arquivos do Linux. E para os arquivos / pastas que você quer saber, diz:
/usr/lib
Object libraries, including dynamic libraries, plus some executables which
usually are not invoked directly. More complicated programs may have whole
subdirectories there.
/usr/local/lib
Files associated with locally installed programs.
E para o arquivo / pasta /usr/lib/x86_64-linux-gnu , eu (não tenho certeza, mas) acho que isso:
/usr/lib/x86_64-linux-gnu
Files associated with locally installed programs for 64-bit architecture'
Posso remover os arquivos duplicados assim?
Não sei quais são exatamente as conseqüências da remoção das duplicatas, mas aconselho que isso não aconteça. Leia isto.
/usr This directory is usually mounted from a separate partition.
It should hold only shareable, read-only data, so that it can
be mounted by various machines running Linux.
Espero que você tenha notado dados somente leitura e compartilháveis .
Sinta-se à vontade para adicionar mais detalhes.