Você pode usar: 1) procmon. Que está disponível para download na Microsoft em:
http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb896645.aspx
e, em seguida, adicionar um filtro, selecione para filtrar por operação e defina o valor do filtro para ser uma das operações de registro que você suspeita ... Eu sugiro a filtragem por (RegSetValue) ou poderia procurar por tudo que tem "Reg" nisso. É bastante simples, mas seria muito mais eficiente se você soubesse quando o processo suspeito está acessando o registro.
2). disponível em:
O RegShot pode tirar um instantâneo do seu registro. Então, quando você suspeitar que algo ocorreu, você pode tirar outro instantâneo e comparar (diff) os dois instantâneos para ver o que mudou.
Desejo-lhe boa sorte.