Existem muitas possibilidades para o problema.
Poderia ser um problema com o seu ISP estrangular determinados locais. Eu acho que você poderia fazer um tcpdump ou usar alguma outra ferramenta de monitoramento de largura de banda em tempo real como o iptraf para ter uma idéia de se os dados chegam ao seu sistema.
Pode ser um problema com uma biblioteca ou flash (pode ser que você não esteja usando o Flash com o Youtube)
Em vez de executar top, tente executar o vmstat 2 para monitorar mais aspectos do IO.
É concebível que seja um problema com o seu driver de vídeo. O que acontece se você baixar o arquivo e tentar assisti-lo?
O problema só acontece a partir deste dispositivo e, em caso afirmativo, acontece em todos os navegadores?