Seu sistema não possui duas CPUs físicas. Como você mencionou dois processadores, é provável que tenha um Core 2 Duo, que é um único pedaço de silício que possui dois processadores, também conhecido como processador dual-core.
Veja Processador multi-core na Wikipedia para mais detalhes.
Provavelmente, as duas aberturas estão conectadas ao mesmo ventilador e destinam-se a otimizar o fluxo de ar (talvez um flua e o outro flua).