Se você instalou o Ubuntu em uma unidade flash, provavelmente o seu diretório home está usando um sistema de arquivos ext2, 3 ou 4.
Meu entendimento é que o Windows e o OSX não lêem nativamente sistemas de arquivos ext. Um computador Linux deve ser capaz de ler sua pasta pessoal sem problemas.
Você pode criar a primeira partição na unidade flash FAT32 ou NTFS e manter os dados que deseja acessar lá.