GIFs animados são tratados de maneira diferente das "imagens" normais. Na verdade, eles são mais parecidos com vídeos reais. É por isso que você não pode usar o demuxer de imagem (ou seja, não pode usar a opção -pattern_type
) lá.
O que você precisa fazer é converter cada um individualmente em um arquivo intermediário com as mesmas propriedades, então concatene esses.
ffmpeg -i gif1.gif -vf "…" -r 25 -c:v ffv1 output1.avi
ffmpeg -i gif2.gif -vf "…" -r 25 -c:v ffv1 output2.avi
…
ffmpeg -i "concat:output1.avi|output2.avi" -c:v libx264 output.mp4