A interface do Notepad ++ não permite que você use para definir o tamanho da fonte 13, então você terá que editar o arquivo Stylers.xml manualmente.
Este arquivo está localizado em %appdata%\notepad++\stylers.xml
De cima a baixo, você tem todos os seus estilos, onde na parte inferior você tem os estilos globais.
À direita da maioria das linhas, há a propriedade fontSize="".
A fontsize="" significa que o padrão está sendo usado. Se você alterar isso para fontSize="13", você efetivamente mudará o tamanho para 13.
Para que sua nova linha de configuração se pareça com:
<WidgetStyle name="Default Style" styleID="32" fgColor="000000"
bgColor="FFFFFF" fontName="Courier New" fontStyle="0" fontSize="13" />
(por conveniência de leitura, eu coloquei uma entrada, mas normalmente esta é uma linha.)
Você não precisa alterar o restante.