Verifique suas configurações do Nautilus. Eu uso a localização em alemão, então esteja ciente de que os verdadeiros nomes em inglês podem ser diferentes. Abra o navegador de arquivos (Nautilus). Em seu menu Editar, abra o diálogo de configurações. Na guia comportamento, há caixas de seleção sobre o que fazer com scripts executáveis, permitindo que você escolha se deseja exibi-los, executá-los ou ser solicitado todas as vezes.