O formato da unidade não tem nada a ver com a bit-a do SO, mas é determinado pela forma como o SO aborda os endereços de hardware (memória e unidades).
Ainda assim, é uma boa ideia iniciar uma transição importante como uma migração de sistema operacional com uma partição formatada de forma clara. Naturalmente, a formatação de uma partição ou unidade apagará todos os arquivos existentes atualmente, portanto, se você quiser salvar os dados, primeiro precisará fazer o backup, formatar a unidade, instalar o novo sistema operacional e restaurar os dados.
Se você está migrando para o Windows 7 64, ele tem uma ferramenta de migração muito boa que ajuda a migrar os dados antigos apenas para esse tipo de situação. Ele também fornecerá uma lista de verificação de quais aplicativos são compatíveis ou precisam de novas versões.