O tempo limite é configurado no lado do servidor, então, como você disse, se não puder alterar as configurações do servidor, a única maneira é fazer algum comando.
Alguns servidores suportam uma maneira de aumentar o tempo ocioso usando o "SITE IDxx xxxx" (com o número xxxx de segundos) ou apenas "IDLE xxxx" ou às vezes "QUOTE TIME xxxx". Mas isso é dependente do servidor e há um valor máximo do servidor configurado para esse valor.
Por outro lado, alguns clientes FTP enviam automaticamente um comando (geralmente NOOP: sem operação) apenas para manter a conexão estável. Eu poderia sugerir para tentar usar um desses clientes em vez do cliente FTP padrão.