Ao comentar a seguinte linha, consegui importar com êxito a configuração da VPN:
route remote_host 255.255.255.255 net_gateway default
Outros relataram que comentar ou remover esta linha funciona para eles também por bug # 606365 no launchpad apesar de este ser um argumento válido.
Dito isso, embora eu possa me conectar com sucesso à VPN, não consigo atingir nenhum host na VPN. Ao tentar definir manualmente esses valores usando a GUI do gerenciador de rede, vejo que somente endereços IP numéricos são aceitos. Valores de string como remote_host ou net_gateway não podem ser inseridos através da GUI.
Eu também tive sucesso importando o mesmo arquivo .OVPN sem nenhuma modificação no Fedora 23, Windows 10 (usando Viscosity), OS X El Capitan (usando Viscosity) e versões anteriores do Ubuntu. Algo está definitivamente quebrado em 16.04.