Obviamente, o aplicativo java não determina o endereço para PORT com base no IP do peer. Provavelmente apenas pega o endereço que o sistema reporta primeiro, seja ele qual for. Talvez este artigo da base de conhecimento da MS o ajude a mudar a ordem do link do IP (é para versões mais antigas do Windows, mas ainda pode se aplicar ). Você também pode tentar alterar a ordem de ligação Como posso alterar a ordem de ligação dos adaptadores de rede no Windows 7? ou alterar fisicamente as interfaces.
Mas pode ser ainda mais fácil alterar o aplicativo java para usar o modo passivo FTP, onde ele não precisa conhecer o IP de sua própria rede.