Talvez você esteja falando sobre esse destaque (a linha vermelha):
As configurações para isso estão em Configurações - > Preferências - > Edição - > Estilo de margem de pasta
O mostrado na minha imagem é Box Tree e, até onde eu sei, é o padrão. Quando brinquei com ele, a cor do destaque mudou de vermelho para branco, mas a reinicialização do Notepad ++ fixou-o novamente em vermelho.