Tudo o que você precisa fazer é não passar o sinal -R :
cp jquery-ui-1.10.3/themes/base/minified/* ui
De man cp :
-R, -r, --recursive
copy directories recursively
Por padrão, cp não recorre a subdiretórios e apenas copia arquivos.
Se por qualquer motivo estranho o comportamento padrão de cp falhar, você sempre pode usar find:
find -type f jquery-ui-1.10.3/themes/base/minified/* -exec cp "{}" ui \;