Depende da relação entre os comprimentos de registro e o tamanho do bloco do sistema de arquivos.
Por exemplo, se os comprimentos de registro (módulo do tamanho do bloco) forem distribuídos aleatoriamente, concatenar os dados em menos arquivos reduzirá o desperdício de espaço. O último bloco em cada arquivo será 1/2 completo em média. Isso é o que é chamado de fragmentação interna . Se você cortar o número de arquivos ao meio combinando arquivos, você reduziria o número de 1/2 blocos inteiros pela metade.
Otoh, se cada registro é sempre um múltiplo do tamanho do bloco, cada arquivo sempre preencherá completamente todos os blocos alocados a ele (zero fragmentação interna), não importando quantos registros ele contenha. Nesse caso, a única economia da concatenação de arquivos seria o resultado de ter menos entradas de diretório.