Não há solução perfeita para todas as situações. "Melhor" varia de acordo com suas necessidades.
Eu uso o NTFS em vários discos rígidos USB de 1TB para o amplo suporte que ele tem em vários dispositivos, porque eu os levo para as casas dos clientes e sei que os arquivos estarão acessíveis independentemente do funcionamento sistema sem configuração extra necessária na maioria das circunstâncias. Da mesma forma, o NTFS é suportado por quase todos os centros de mídia e consoles de jogos, portanto, se eu quiser reproduzir um filme em um dispositivo que não seja em rede, provavelmente vou usar esses discos rígidos. O NTFS também é bastante bom para a recuperação de dados, mesmo que apenas por causa de seu uso generalizado - muitos pacotes de software existem especificamente para recuperar uma "Pasta perdida" em uma partição NTFS.
No entanto, se eu planejasse compartilhar 3 TB de dados entre vários sistemas operacionais, obteria um NAS em vez de um dispositivo conectado por USB - por um custo extra, tenho muito mais flexibilidade, segurança e tranquilidade. Por exemplo, você poderia tê-lo formatado ext4 ou algo um pouco mais moderno com alto desempenho e montá-lo como um compartilhamento Samba no Windows e Mac, eliminando assim quaisquer conflitos e requisitos do sistema de arquivos em software proprietário como o Paragon NTFS.
Dado que o NAS seria conectado a energia a maior parte do tempo, estacionário em um local limpo e seco e gerenciado por seu próprio firmware, seria muito mais robusto do que um disco rígido portátil que está sendo girado para cima e para baixo em todo o tempo e escrito por vários drivers diferentes e kernels.
Como uma nota secundária, suspeito que o problema enfrentado seja menos provável de ser causado por uma falha de NTFS ou Windows, mas o firmware na própria unidade ou até mesmo uma falha física da própria unidade. Eu recomendaria o backup de todos os dados sobre os quais você se importa.
Para resumir minha resposta prolixa, acho que se você planeja continuar usando um disco rígido portátil e conectando-o a várias máquinas regularmente, você está priorizando a conveniência e, como tal, o NTFS já é sua melhor escolha. No entanto, se você decidir se importar mais com confiabilidade e segurança de dados do que com portabilidade, sugiro não usar uma unidade portátil e obter um NAS compartilhado por todos os três sistemas operacionais e / ou qualquer outro dispositivo em sua casa usando o Samba. p>