Força o seu cliente FTP a usar o modo de transferência de arquivos BINARY - isso deve ser possível em algum lugar nas configurações.
Como plano de fundo: existem dois modos de transferência de arquivos - texto e binário, se o binário for usado, os dados são transferidos como estão, se você usar texto, ele tenta traduzir as extremidades das linhas para a plataforma de destino. No seu caso, o último acontece e danifica seu arquivo.