Por padrão, o Windows não faz distinção entre maiúsculas e minúsculas, mas permite que os nomes de arquivos com distinção entre maiúsculas e minúsculas "subsistema POSIX" sejam possíveis. Esse recurso é usado no "Microsoft Windows Services para UNIX" (o Windows atua como um servidor de arquivos NFS e outros).
Veja a pergunta sobre o Stackoverflow Como tornar um caso de NTFS sensível