Eu tentei e encontrei os seguintes problemas.
- Você pode executar a mesma VM no VMWare e no VirtualBox, contanto que não use instantâneos
- Você converte VMDKs em outros formatos
- Você não inicia as adições do Convidado (ou as Ferramentas VMWare) automaticamente.
Em uma nota lateral, no meu caso, o Virtualbox é mais rápido e, portanto, eu mantive isso.