O que você está pedindo é basicamente o Compiz, como o alternador alt-tab, disponível no Linux. Infelizmente, não há nenhum aplicativo que faça essa tarefa para o Windows que eu saiba. Embora você possa tentar este truque simples para alternar mais rápido durante o trabalho.
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Citação do site:
Press and hold the Ctrl key, then click on the application icon or button on the Windows 7 Taskbar. A window frame of the application will open. Continuously clicking on the application icon or button on the Taskbar will switch and rotate between different open windows of the specific application only, significantly improve task switching speed when compared with using Alt+Tab or Win+Tab which rotates between all open windows of all different applications.
The trick above works on all applications that can have multiple or more than one windows open (but not tabs).