Isso provavelmente está relacionado ao cache de disco. Para acelerar as coisas, muitos sistemas operacionais não fazem as operações de copiar ou gravar em tempo real. Em vez disso, eles criam uma fila de operações de gravação e, em seguida, trabalham na fila em segundo plano para que a operação real copiar / recortar / excluir possa "concluir" muito mais rapidamente do ponto de vista do usuário, permitindo que continuem trabalhando com o computador. No entanto, os dados ainda precisam ser gravados na unidade flash, e provavelmente é isso que acontece enquanto aguarda 100%. Normalmente, isso não fica muito aparente quando a velocidade de leitura está próxima da velocidade de gravação (ou seja, copiar arquivos de um local em um disco para outro local na mesma unidade), mas se torna mais visível quando há um disco consideravelmente mais lento na escrita do que a fonte está lendo.
Para responder à sua pergunta, mudar o sistema de arquivos provavelmente não ajudará muito (qual é o sistema de arquivos atual? Qual é o seu sistema operacional atual?), e a maneira mais fácil de consertá-lo é a obtenção de um flash drive mais rápido.
Olhando para o feedback na unidade, muitos usuários estão reclamando que a unidade é simplesmente muito, muito devagar.