É tão seguro quanto iniciar qualquer aplicativo de terceiros para executar um arquivo arbitrário.
Digamos que você vá para www.dodgysite.notreal e receba um pop-up solicitando que você execute um aplicativo externo sem avisando, não faça nada e corra como o inferno. O pior cenário aqui é que você acaba lançando um aplicativo com uma vulnerabilidade conhecida e seu sistema fica comprometido com isso.
Por outro lado, isso acontecerá se você lançar qualquer tipo de arquivo não tratado pelo chrome ou explicitamente declarado como seguro. É apenas um tipo de verificação de sanidade aviso para não executar uma porcaria aleatória. Dessa forma, contanto que você esteja realmente clicando e executando um link magnético, em um site razoavelmente confiável, você deve estar seguro.