Em geral, para hardware padrão do tipo PC, forçar o desligamento não deve causar danos mecânicos a nada.
No entanto, forçar o desligamento pode deixar os dados do disco em um estado "inconsistente". Geralmente, o SO deve ser capaz de se recuperar de qualquer inconsistência resultante (embora você possa, é claro, perder dados (ou o arquivo inteiro) em qualquer arquivo que você tenha escrito no momento), mas é aconselhável evitar forçar o desligamento (ou puxar o plugue em sistemas sem backup de bateria), quando razoavelmente possível.
O "ruído assustador" é provavelmente o braço do disco sendo direcionado para a posição "estacionar".