O sysinternals disk2vhd pode gravar um único arquivo VHD com várias partições nele (incluindo a partição reservada do sistema). O VHD resultante será montado no Windows 7 como várias partições.
Quanto a se ele vai inicializar em Xen imediatamente, você teria que tentar e ver. Existem outras questões envolvidas, como drivers e tal.