O que você está enfrentando é um pouco esperado. Como Walter disse nos comentários, uma vez que a bateria está abaixo de um certo nível, o sistema tentará conservar o máximo de energia possível.
Isso inclui a desativação da CPU, o que explica a reação lenta nos primeiros minutos de uso (depois que a bateria atinge certa carga, tudo volta ao normal).
É também por isso que não é recomendado rodar laptops sem bateria, a menos que você queira que ela rode mais devagar - soa estranho, mas eu vi isso acontecer.
Seu tempo de inicialização aumenta desde que uma verificação do sistema de arquivos é executada devido ao desligamento inesperado. Qualquer sistema operacional moderno fará isso por padrão.
Não há muito o que fazer a não ser tentar encerrar sua máquina corretamente da próxima vez ...