Faça backup de todos os arquivos de que você goste. Recupere o sistema do seu último backup. Restaure os arquivos que você fez backup para trazer o sistema de volta ao estado atual.
É por isso que você faz backups. Você pode gastar horas e horas tentando obter a permissão de cada arquivo e ter alguns problemas sutis a dias ou semanas. Não vale a pena.