Meu problema foi causado por outra coisa. Para excluir o disco do sistema criptografado, você pode usar as soluções sugeridas com gparted, diskpart ou dd.
A solução para o meu problema foi a a comutação da porta USB . Mas não é a verdade completa, parece ser um problema com o USB 3.0, mencionado aqui . Então, foi um problema com o instalador do Windows, e não com o TrueCrypt em si.