De um modo geral, você não faz. Há muito poucas coisas parecidas com vírus que prejudicam os sistemas Linux, e a maioria dos vetores de códigos maliciosos vem de coisas como serviços de rede com bugs conhecidos.
O principal motivo para instalar o software antivírus tradicional é evitar a presença de vírus do Windows, inativos, nos formatos de documentos do Windows.
A escolha padrão é o clamav, e talvez um front-end da GUI para isso. Deve ser empacotado e disponível em sua distribuição.
Em resumo: o antivírus é o tipo errado de defesa; mantenha seu sistema corrigido.