Embora seja mais seguro usar pacotes .deb, no Python isso pode ser verdade, já que existe o VirtualEnv solução e o empacotador PIP preferido que baixa pacotes dos repositórios oficiais ( PyPI )
Usando o VirtualEnv e o PIP você mantém a instalação do seu sistema no Python limpa, já que você pode instalar pacotes com o PIP dentro do virtualenv, caso algo dê errado, você pode deletar o virtualenv e começar de novo.
Além disso, mover pacotes entre virtualenvs é muito fácil com o PIP, já que o PIP pode exportar os pacotes instalados em um arquivo de texto ( consulte requirements.txt ) e pode importá-los de volta em um sistema Python limpo.
Você pode querer ver as seguintes respostas - perguntas sobre PIP, dpkg, apt-get e outras soluções de distribuição: