Eles são dois sistemas completamente diferentes. O Bitlocker é uma tecnologia mais recente usada para criptografar volumes e o EFS, que é o que você está usando, é usado para criptografar por arquivo / pasta.
- Tem certeza de que você os importou corretamente? Execute certmgr.msc e verifique em Personal - > Certificados
- Se não estiver lá, tente usar Ações - > Todas as tarefas - > Importar com a pasta de certificados selecionada.
- Se estiver lá, tem certeza de que é o certificado usado para o processo de criptografia?
- Qual é o erro que você recebe ao tentar acessar um arquivo criptografado?