Atualmente, não vejo nenhum problema em ativar a DEP em todos os processos. Eu tenho a configuração em execução em um SBS 2003 e duas máquinas XP (todos os Optiplexes desconhecidos) e não tive problemas.
Dito isso, eu pelo menos testaria. A desvantagem do DEP foi o desempenho, mas mais importante comparabilidade. Ele quebrou muitos pilotos quando saiu pela primeira vez (não é nenhuma surpresa). Mas isso foi nos dias do XP SP2. . .