Seu problema é que os atalhos não são um recurso de todo o sistema - eles recebem tratamento especial apenas dentro do shell do Explorer. Uso "em variáveis de ambiente" é irrelevante aqui.
Em vez de atalhos, você pode usar junções ou links simbólicos por meio de mklink
- ambos funcionam no nível do sistema de arquivos e serão suportados por todos os programas.