Os arquivos que terminam com ~
geralmente são arquivos temporários ou arquivos de backup
gerados por outros programas, como editores.
Na maioria das vezes, esse comportamento pode ser corrigido.
No seu caso, você precisa ter certeza de que esse arquivo ainda existe:
ls
Se o arquivo aparecer, você poderá editá-lo ou renomeá-lo assim:
mv my-file.c~ new-name.c
nano my-file.c~
No entanto, se o arquivo não estiver lá, isso significa que você está no diretório errado ou o arquivo foi excluído.
Para recuperar seu arquivo, existem algumas ferramentas que podem ser usadas para fazer isso.