Use um método backup incremental como rsync ou qualquer outro método adequado ao seu SO.
Apenas os arquivos que foram alterados são salvos em backup, portanto, mesmo que a unidade tenha 400 GB, provavelmente apenas uma pequena parte disso será alterada de backup para backup. Isso só irá transferir as partes que foram alteradas, mas para saber isso, obviamente, tem que ler todos os arquivos e compará-los com o backup. Você pode simplificar o teste para verificar apenas as datas de modificação ou pode excluir determinados diretórios que você sabe que não mudam (ou que não são importantes para backup). A personalização depende de você e de sua situação particular.