Parece que há um problema com o arquivo .desktop
. Estes não existem ou não se referem corretamente ao ipython3. Veja também os comentários na parte inferior, se você quiser ver como espera que funcione.
$ locate ipy | grep desk
/usr/share/app-install/desktop/ipython-qtconsole:ipython-qtconsole.desktop
/usr/share/app-install/desktop/ipython:ipython.desktop
$ more /usr/share/app-install/desktop/ipython-qtconsole:ipython-qtconsole.desktop
# If you want ipython to appear in a linux app launcher ("start menu"), install
# this by doing:
# sudo desktop-file-install ipython-qtconsole.desktop