Eu já vi esse comportamento em todas as versões do Windows desde que o botão Iniciar foi inventado, e em algumas máquinas mais do que outras.
O que eu normalmente faço é pressionar e soltar todas as teclas do Tab para Shift para Ctrl , então o Windows key, depois Alt , e depois repita o processo para trás, certificando-se de que não tenho nada importante em aberto.
Normalmente, corrige o problema.
EDIT: Não é StickyKeys que faz isso.