Eu não me lembro exatamente qual era o problema, mas ainda estou usando a mesma placa-mãe. Um SSD definitivamente falhou e foi substituído. Não tenho certeza do que aconteceu com o USB, mas o problema desapareceu.
Na semana passada, dois SSDs separados falharam (erros SMART, creio que disseram) sem aviso ou alteração de hardware. Alguns dias atrás, todas as minhas portas USB pararam de funcionar depois que eu liguei meu iPhone (o iPhone não era novo, o ligava várias vezes antes). O USB ficou inativo por alguns dias e começou a funcionar novamente alguns minutos depois que eu recoloquei os SSDs antigos para executar alguns diagnósticos. Não tenho certeza se todos esses aluguéis estão conectados, mas estou tentando ser minucioso na minha descrição.
É possível que minha placa-mãe esteja falhando? É um Asus X58 Extreme.
Honestamente, não há como saber com certeza, mas poderia ser.
O SSD e o USB não estão diretamente relacionados e não é comum ter um problema com um que afeta o outro, com exceção de um componente crítico que falha (chipset ou controladores de energia).
A única coisa que posso dizer é usar os SSDs novamente e se você ainda não puder usá-lo, tente em outro PC e veja o que acontece.
Do que você disse, parece que a máquina pode estar falhando, mas, sem isolar os erros e tentar usá-los em um bom equipamento conhecido (como seu telefone em outro computador), não há como com certeza.