Eu não sei porque você precisa de um gui para controlar um servidor - a maneira usual é usar o ssh e o putty (ou algum outro cliente ssh) e o cli. Dito isto, há algumas outras alternativas ao VNC que valem a pena analisar se você precisa de um desktop gráfico acessado remotamente
A maneira comum de fazer coisas gráficas remotamente no Linux é com x encaminhamento - Você pode usar o Ax Client, e simplesmente exportar a janela para o seu próprio sistema com ssh -X (hostname) (programa), ou exportar toda a área de trabalho com o xdmp. A vantagem disso é que você pode usar software que vem embutido em qualquer sistema Linux.
Há também alguns acessos remotos alternativos, como nx do nomachine ou seus derivados , que valem a pena olhar - na minha experiência nx É mais rápido do que x forwarding ou VNC por um bom tempo, e é seguro desde o seu ssh tunelado. Ele também permite desconectar, mas manter sessões persistentes em execução, mesmo que separadas, em vez de vinculá-lo a uma única sessão como o VNC faz.